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1、缴费主体不同。医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的;2、费用不同。医保具有强制性，按照职工工资的一定比例收取，农村合作医疗是农民自愿参加，费用一般固定;3、缴纳方式不同。医保是单位和职工一起缴纳的，而且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。农村合作医疗是农民自己缴纳的。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。

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法律分析：农村合作医疗保险缴费标准目前设为每年100元、200元、300元、400元、500元5个档次，地方可以根据实际情况增设缴费档次。参保人自主选择档次缴费，三甲医院报销比例。多缴多得。农民个人每年的缴费标准不应低10元，经济条件好的地区，可以相应提高缴费标准。乡镇企业职工(不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员)是否参加新型农村合作医疗，由县人民政府确定。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。《中华人民共和国农业法》第八十四条国家鼓励、支持农民巩固和发展农村合作医疗和其他医疗保障形式，提高农民健康水平。第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。

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